Debido a su enemistad con la iglesia, el 26 de febrero de 1863, el entonces presidente de México Benito Juárez promulgó el Decreto de la extinción de todas las comunidades religiosas.

El Benemérito de las Américas siempre fue consciente que había que hacer un lado la iglesia para consolidar el proyecto de modernización del Estado, pues en ese entonces, los funcionarios rendirán cuentas a los clérigos, quienes estaban a cargo de la educación, la administración de los cementerio y hospitales, así como de los matrimonios.