El Área de Protección de Flora y Fauna Manglares de Nichupté se estableció mediante el Decreto Federal publicado en el Diario Oficial de la Federación el día 26 de febrero de 2008.
La región se ubica en el municipio de Benito Juárez, Quintana Roo. Los manglares son un grupo de ecosistemas acuáticos y terrestres, en el que hay gran variedad de flora endémica y fauna conformada por especies en peligro de extinción.
Esta área protegida se encuentra libre de población humana, pero es el lugar adecuado para desarrollar actividades de turismo de bajo impacto.